Игра проходит по анимэ «Наруто», но по второму сезону. Правда сюжет этого известного анимэ будет слегка изменен тем, что в мире будет новая страна и совсем неизвестные роли для зрителей второго сезона «Ураганные хроники». Поэтому, просим не ворчать, если вам не нравится задумка.

Несколько лет назад, все страны скрывали месторасположение одной из деревень, но совсем недавно, это вышло наружу: все страны были оповещены тем, что, как оказалось пять сильнейших стран, а точнее их правители-каге, скрывали существование еще одной страны, которая практически ничем не уступала им. По-правде говоря, все это было чьим-то планом, который снял завесу с деревни Рей (Rei с английского переводится, как луч). Всего-лишь пол года назад, эта деревня была атакована десятью сильнейшими шиноби из тайной организации Акацуки. Но Рей устояла перед их натиском, однако страна сейчас достаточно ослабла, поэтому несколько стран решили поддержать своего соседа. Однако, это все потому, что все эти селения понимают, что если они не объединятся вместе, то они не устоят перед силой этих таинственных шиноби ранга S. Теперь все готовятся к наихудшему…